基因亲子鉴定对个人对于子女血缘关系发生疑问时，如果没有将事情以适当方式与家人进行讨论，而是自行以秘密方式寻求做亲子鉴定，便往往会出现隐秘采集样本进行亲子鉴定的情形，例如采集伴侣或子女带有毛囊细胞的毛发，或衣物上残留的干燥体液等亲子鉴定样本，送至亲子鉴定中心进行鉴定。这一过程，称之为隐私亲子鉴定。

    做隐私亲子鉴定需要几个人？隐私亲子鉴定的利害关系人涉及了子女与父、母。而在鉴定技术上，为确定特定人与子女的亲子关系，只需要父子或母子的DNA即可，并不需要另一方父或母提供DNA同时进行比对。不过在社会与伦理层面考量上，若只有假设父与子女参加加鉴定时，这种母亲缺席的亲子鉴定较可能引发不良后果。另一方面，由于母亲通常不会在亲子鉴定后改变对子女的照顾，因此如未经假设父知悉或同意，而由母亲提供假设父与子女样本进行亲子鉴定，其伦理疑虑及社会后果较不严重。

    隐私亲子鉴定的利害关系人涉及了子女与父、母。而在鉴定技术上，为确定特定人与子女的亲子关系，只需要父子或母子的DNA即可，并不需要另一方父或母提供DNA同时进行比对。不过在社会与伦理层面考量上，若只有假设父与子女参加加鉴定时，这种母亲缺席的亲子鉴定较可能引发不良后果。另一方面，由于母亲通常不会在亲子鉴定后改变对子女的照顾，因此如未经假设父知悉或同意，而由母亲提供假设父与子女样本进行亲子鉴定，其伦理疑虑及社会后果较不严重。

    隐私亲子鉴定所需样本：血液、血痕或带毛囊的毛发，建议带毛囊的毛发最佳，因为隐私亲子鉴定的隐秘性，发毛较为容易采集，且检测DNA与其他常规样本无异。

    隐私亲子鉴定必然会涉及敏感的个人隐私与家庭关系。不过，在国内法制不明确的情况下，个人隐私与家庭却受到不法或不当亲子鉴定行为的侵害。被鉴定者在做隐私亲子鉴定的过程中，自身的隐私往往得不到保护，以至于信息泄漏成为常见不鲜的事情。为此，武功县司法亲子鉴定中心联合数位鉴定专家制定出一套客户隐私保护措施，有效的解决了被鉴定者在鉴定过程中隐私泄漏的问题。