由于线粒体DNA存在于细胞质的线粒体中，平均每个细胞中含有成百上千个拷贝，且呈环状结构，不易降解，故对用核DNA进行分型不能满意的检材进行线粒体DNA的分析在个人认识和亲子鉴定上有一定的参考价值。线粒体DNA控制区可作为良好的遗传标记进行个体识别，尤其是在缺乏核DNA时。有时在法医学上对微量和无核的检材，如指甲、粪便、腐败等检材用核DNA分型方法常常不能满意，通过对线粒体DNA序列分析可以达到满意的效果。
从国内的研究来看，李红霞等运用PCR扩增和变性凝胶电泳方法，对尸体毛发、腐败尸体的骨骼、指甲、血痕等检材进行线粒体DNA测序研究，并对D环区段15 997-16 401的403bp片段的碱基突变位点进行多态性分析，有123个碱基位点检出多态性，不停个体检出的可变碱基位点平均8个，显示线粒体DNA的D环区具有很高的个体识别能力。程宝文等报道了一起利用受害者指尖黏附微量毛干线粒体DNA测序的多态信息，最终成功侦破的一起命案。
从国外研究来看，过去几年里，在线粒体DNA分析的帮助下，完成了许多具有历史意义的个体识别工作，如美国的越南战争无名士兵墓中的许多残骸就是利用线粒体DNA进行识别的。同样是利用线粒体DNA,科学家就是利用认定了在俄国沙皇二世家族的骸骨，也彻底揭穿了Anna Anderson Manahan 关于自己是俄国Anastasia王子的谎言。
